一些介绍性的内容已经较早前发在论坛上了。
传送门:
基于rDNA-ITS序列的生物分类
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX/t/36981基因组DNA的提取与ITS序列的扩增
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX/t/36736补充扩增后的凝胶成像图谱
以上X701,X705, X706, X712四个真菌均扩增出了ITS序列,DNA片段大小符合预期,TR441未扩增出片段。
将 X701,X705, X706, X712以上四个真菌菌株的ITS序列扩增产物,送上海生工进行测序。(测序现在一般都是用的是自动化的双脱氧PCR测序技术,结合荧光技术,自动读取序列。)
几天后我得到了结果,只有X701测序成功,其他的没测出来。。。我表示很郁闷,下次看来纯化一下再送好了。。。
测序结果:
GGGCATCGACTTTCACTCATCACCCTGTGACATACCTATAACGTTGCCTCGGCGGGAACAGACGGCCCCGTAACACGGGCCGCCCCCGCCAGAGGACCCCCTAACTCTGTTTCTATAATGTTTCTTCTGAGTAAACAAGCAAATAAATTAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCGCCAGTATTCTGGCGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTACAACCCTCAGGCCCCCGGGCCTGGCGTTGGGGATCGGCGGAAGCCCCCTGCGGGCACAACGCCGTCCCCCAAATACAGTGGCGGTCCCGCCGCAGCTTCCATTGCGTAGTAGCTAACACCTCGCAACTGGAGAGCGGCGCGGCCACGCCGTAAAACACCCAACTTCTGAATGTTGACCTCGAATCAGGTAGGAATACCCGCTGAACTTAAGCATATCAAAGTGCGGAGAGGAA
由于产物未纯化,故前后各有20个bp测得是不准确的。故舍弃掉前后20bp提交到了NCBI(National center for biotechnology information)进行Blast序列比对。
发现测序的菌株与
Fusarium solani腐皮镰刀霉的同源性达到了100%,故可以认定该测序菌株为
Fusarium solani。