热力学第二定律和布朗运动永动机并不矛盾。

热力学第二定律是一个统计性的定律。我们回顾高中的知识：假设有一个容器，等分为两部分。现在随意向容器中扔两个小球（小球不相互区分），那么概率最大的是两部分中各有一个小球的情况。在小球数越多的时候，那种两区域中球数接近相等的情况的概率就相对较大，最小的应该是所有的小球都在一边。对于宏观上的气体（比如一瓶子的气体），我们可以利用这个原理。之所以说气体向真空中的膨胀是不可逆的，是因为，那种气体完全回到膨胀之前的小区域中的可能性极其微小。在我们有限的时间、人类有限的时间中，这种情况几乎不可能发生。

我们从这个分析中可以看到，热力学第二定律的适用条件是宏观、时间有限。在宇宙中，时刻都有新的恒星形成的例子，这是天文学确认的。这是我们看来违反热力学第二定律的事情，但因为形成这一恒星之前经历了我们人类所未经历的时间，因此这是可能的。另外一个例子是，如果我们将极其灵敏的压力表接在一装有恒温恒压的气体的密闭容器上，我们可以观察到涨落现象，即气体的压强在某个定值附近摆动。这是类似布朗运动的现象。这是看上去违反热力学第二定律的现象，但实际上只有没有学好这一定律的人才会这样认为。

《大学物理》第二册提到，在微观上，比如我们把一个很小的摆放在气体中，没有什么不可能使这个摆因为被气体分子碰撞而摆动（实际上布朗运动不也是把液体分子的内能转化为布朗微粒的机械能了么）。因此，热力学第二定律不适用于微观。微观上的有序是可能将内能转化为电能或机械能的。